data_MD_SNFG
#
_pdbx_database_status.entry_id MD_SNFG
_pdbx_database_status.status_code .
_pdbx_database_status.status_code_sf ?
_pdbx_database_status.status_code_mr ?
_pdbx_database_status.status_code_cs ?
_pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date ?
_pdbx_database_status.status_code_nmr_data ?
_pdbx_database_status.deposit_site ?
_pdbx_database_status.process_site ?
_pdbx_database_status.SG_entry ?
_pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y
_pdbx_database_status.methods_development_category ?
#
loop_
_entity.id
_entity.type
_entity.src_method
_entity.pdbx_description
_entity.formula_weight
_entity.pdbx_number_of_molecules
_entity.pdbx_ec
_entity.pdbx_mutation
_entity.pdbx_fragment
_entity.details
1 branched man "beta-D-galactopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose" 586.542 1 ? ? ? ?
2 non-polymer syn ? ? 1 ? ? ? ?
#
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id B
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id 2
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id ROH
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num 1
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num 1
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num 1
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id ROH
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id ROH
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id ?
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code .
#
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.type
_chem_comp.mon_nstd_flag
_chem_comp.name
_chem_comp.pdbx_synonyms
_chem_comp.formula
_chem_comp.formula_weight
GAL "D-saccharide, beta linking" . beta-D-galactopyranose "beta-D-galactose; D-galactose; galactose"
"C6 H12 O6" 180.156
NGA "D-saccharide, beta linking" . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose "N-acetyl-beta-D-galactosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose; 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose; 2-acetamido-2-deoxy-galactose; N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE"
"C8 H15 N O6" 221.208
ROH non-polymer . "UNKNOWN LIGAND" ? ? ?
#
loop_
_struct_conn.id
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.details
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
_struct_conn.pdbx_role
covale1 covale both ? A NGA . O3 ? ? ? 1_555 A GAL . C1 ? ? ? NGA 1 ? GAL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.469 sing ?
covale2 covale both ? A NGA . O6 ? ? ? 1_555 A NGA . C1 ? ? ? NGA 1 ? NGA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.481 sing ?
#
loop_
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.details
A N N 1 ?
B N N 2 ?
#
_atom_sites.entry_id MD_SNFG
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000
_atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000
_atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000
_atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000
#
_pdbx_validate_close_contact.id 1
_pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num 1
_pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 O1
_pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 .
_pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 ROH
_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 1
_pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 ?
_pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 ?
_pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 C1
_pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 .
_pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 NGA
_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 1
_pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 ?
_pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 ?
_pdbx_validate_close_contact.dist 1.41
#
loop_
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id
1 1 N 1 . NGA 1 ? C7 ? A NGA 1 C7
2 1 N 1 . NGA 1 ? C8 ? A NGA 1 C8
3 1 N 1 . NGA 1 ? O1 ? A NGA 1 O1
4 1 N 1 . NGA 1 ? O7 ? A NGA 1 O7
5 1 N 1 . NGA 3 ? C7 ? A NGA 3 C7
6 1 N 1 . NGA 3 ? C8 ? A NGA 3 C8
7 1 N 1 . NGA 3 ? O7 ? A NGA 3 O7
#
loop_
_atom_type.symbol
C
H
N
O
#
_entry.id MD_SNFG
#
loop_
_pdbx_branch_scheme.asym_id
_pdbx_branch_scheme.entity_id
_pdbx_branch_scheme.mon_id
_pdbx_branch_scheme.num
_pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id
_pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_branch_scheme.auth_asym_id
_pdbx_branch_scheme.auth_mon_id
_pdbx_branch_scheme.auth_seq_num
_pdbx_branch_scheme.hetero
A 1 NGA 1 . NGA 1 ? NGA 2 n
A 1 GAL 2 . GAL 2 ? GAL 3 n
A 1 NGA 3 . NGA 3 ? NGA 4 n
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
GAL "CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL" GMML 1.0 DGalpb
GAL "COMMON NAME" GMML 1.0 b-D-galactopyranose
GAL "IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL" PDB-CARE 1.0 b-D-Galp
GAL "SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL" GMML 1.0 Gal
NGA "CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL" GMML 1.0 DGalpNAcb
NGA "COMMON NAME" GMML 1.0 N-acetyl-b-D-galactopyranosamine
NGA "IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL" PDB-CARE 1.0 b-D-GalpNAc
NGA "SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL" GMML 1.0 GalNAc
#
_pdbx_entity_branch.entity_id 1
_pdbx_entity_branch.type oligosaccharide
#
_pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal 1
_pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id 1
_pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor "DGalpb1-3[DGalpNAcb1-6]DGalpNAcb1-ROH"
_pdbx_entity_branch_descriptor.type "Glycam Condensed Sequence"
_pdbx_entity_branch_descriptor.program GMML
_pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1.0
#
loop_
_pdbx_entity_branch_link.link_id
_pdbx_entity_branch_link.entity_id
_pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1
_pdbx_entity_branch_link.comp_id_1
_pdbx_entity_branch_link.atom_id_1
_pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1
_pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2
_pdbx_entity_branch_link.comp_id_2
_pdbx_entity_branch_link.atom_id_2
_pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2
_pdbx_entity_branch_link.value_order
_pdbx_entity_branch_link.details
1 1 2 GAL C1 O1 1 NGA O3 HO3 sing ?
2 1 3 NGA C1 O1 1 NGA O6 HO6 sing ?
#
loop_
_pdbx_entity_branch_list.entity_id
_pdbx_entity_branch_list.comp_id
_pdbx_entity_branch_list.num
_pdbx_entity_branch_list.hetero
1 NGA 1 n
1 GAL 2 n
1 NGA 3 n
#
_pdbx_entity_nonpoly.entity_id 2
_pdbx_entity_nonpoly.name ?
_pdbx_entity_nonpoly.comp_id ROH
#
_struct_conn_type.id covale
_struct_conn_type.criteria ?
_struct_conn_type.reference ?
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 . NGA A 1 . ? 20.330 21.820 17.150 1.00 0.00 ? 1 NGA ? C1 1
HETATM 2 C C2 . NGA A 1 . ? 20.420 22.650 15.840 1.00 0.00 ? 1 NGA ? C2 1
HETATM 3 C C3 . NGA A 1 . ? 19.070 22.840 15.100 1.00 0.00 ? 1 NGA ? C3 1
HETATM 4 C C4 . NGA A 1 . ? 18.390 21.480 14.880 1.00 0.00 ? 1 NGA ? C4 1
HETATM 5 C C5 . NGA A 1 . ? 18.210 20.940 16.310 1.00 0.00 ? 1 NGA ? C5 1
HETATM 6 C C6 . NGA A 1 . ? 17.390 19.660 16.390 1.00 0.00 ? 1 NGA ? C6 1
HETATM 7 N N2 . NGA A 1 . ? 21.050 23.970 16.130 1.00 0.00 ? 1 NGA ? N2 1
HETATM 8 O O3 . NGA A 1 . ? 19.380 23.600 13.870 1.00 0.00 ? 1 NGA ? O3 1
HETATM 9 O O4 . NGA A 1 . ? 19.290 20.670 14.080 1.00 0.00 ? 1 NGA ? O4 1
HETATM 10 O O5 . NGA A 1 . ? 19.540 20.610 16.940 1.00 0.00 ? 1 NGA ? O5 1
HETATM 11 O O6 . NGA A 1 . ? 18.190 18.480 15.780 1.00 0.00 ? 1 NGA ? O6 1
HETATM 12 H H1 . NGA A 1 . ? 21.370 21.600 17.420 1.00 0.00 ? 1 NGA ? H1 1
HETATM 13 H H2 . NGA A 1 . ? 20.990 22.190 15.040 1.00 0.00 ? 1 NGA ? H2 1
HETATM 14 H H3 . NGA A 1 . ? 18.430 23.460 15.730 1.00 0.00 ? 1 NGA ? H3 1
HETATM 15 H H4 . NGA A 1 . ? 17.420 21.600 14.400 1.00 0.00 ? 1 NGA ? H4 1
HETATM 16 H H5 . NGA A 1 . ? 17.600 21.670 16.840 1.00 0.00 ? 1 NGA ? H5 1
HETATM 17 H H61 . NGA A 1 . ? 16.400 19.830 15.970 1.00 0.00 ? 1 NGA ? H61 1
HETATM 18 H H62 . NGA A 1 . ? 17.240 19.310 17.410 1.00 0.00 ? 1 NGA ? H62 1
HETATM 19 H H2N . NGA A 1 . ? 20.680 24.500 16.900 1.00 0.00 ? 1 NGA ? H2N 1
HETATM 20 C C2N . NGA A 1 . ? 22.030 24.520 15.390 1.00 0.00 ? 1 NGA ? C2N 1
HETATM 21 C CME . NGA A 1 . ? 22.260 25.960 15.510 1.00 0.00 ? 1 NGA ? CME 1
HETATM 22 H H3M . NGA A 1 . ? 22.870 26.310 14.680 1.00 0.00 ? 1 NGA ? H3M 1
HETATM 23 H H2M . NGA A 1 . ? 21.310 26.500 15.550 1.00 0.00 ? 1 NGA ? H2M 1
HETATM 24 H H1M . NGA A 1 . ? 22.850 26.140 16.410 1.00 0.00 ? 1 NGA ? H1M 1
HETATM 25 O O2N . NGA A 1 . ? 22.890 23.800 14.770 1.00 0.00 ? 1 NGA ? O2N 1
HETATM 26 H H4O . NGA A 1 . ? 19.530 21.180 13.300 1.00 0.00 ? 1 NGA ? H4O 1
HETATM 27 C C1 . GAL A 1 . ? 18.230 24.440 13.510 1.00 0.00 ? 2 GAL ? C1 1
HETATM 28 C C2 . GAL A 1 . ? 18.620 25.610 12.480 1.00 0.00 ? 2 GAL ? C2 1
HETATM 29 C C3 . GAL A 1 . ? 17.330 26.400 12.130 1.00 0.00 ? 2 GAL ? C3 1
HETATM 30 C C4 . GAL A 1 . ? 16.150 25.520 11.570 1.00 0.00 ? 2 GAL ? C4 1
HETATM 31 C C5 . GAL A 1 . ? 15.920 24.360 12.510 1.00 0.00 ? 2 GAL ? C5 1
HETATM 32 C C6 . GAL A 1 . ? 14.880 23.340 12.120 1.00 0.00 ? 2 GAL ? C6 1
HETATM 33 O O2 . GAL A 1 . ? 19.520 26.480 13.250 1.00 0.00 ? 2 GAL ? O2 1
HETATM 34 O O3 . GAL A 1 . ? 17.670 27.450 11.220 1.00 0.00 ? 2 GAL ? O3 1
HETATM 35 O O4 . GAL A 1 . ? 16.530 25.000 10.210 1.00 0.00 ? 2 GAL ? O4 1
HETATM 36 O O5 . GAL A 1 . ? 17.160 23.650 12.800 1.00 0.00 ? 2 GAL ? O5 1
HETATM 37 O O6 . GAL A 1 . ? 14.450 22.580 13.250 1.00 0.00 ? 2 GAL ? O6 1
HETATM 38 H H1 . GAL A 1 . ? 17.840 24.930 14.400 1.00 0.00 ? 2 GAL ? H1 1
HETATM 39 H H2 . GAL A 1 . ? 19.060 25.170 11.580 1.00 0.00 ? 2 GAL ? H2 1
HETATM 40 H H3 . GAL A 1 . ? 17.150 26.860 13.100 1.00 0.00 ? 2 GAL ? H3 1
HETATM 41 H H4 . GAL A 1 . ? 15.350 26.240 11.430 1.00 0.00 ? 2 GAL ? H4 1
HETATM 42 H H5 . GAL A 1 . ? 15.510 24.750 13.440 1.00 0.00 ? 2 GAL ? H5 1
HETATM 43 H H61 . GAL A 1 . ? 14.000 23.840 11.720 1.00 0.00 ? 2 GAL ? H61 1
HETATM 44 H H62 . GAL A 1 . ? 15.200 22.710 11.290 1.00 0.00 ? 2 GAL ? H62 1
HETATM 45 H H6O . GAL A 1 . ? 13.690 22.120 12.890 1.00 0.00 ? 2 GAL ? H6O 1
HETATM 46 H H4O . GAL A 1 . ? 16.500 25.800 9.680 1.00 0.00 ? 2 GAL ? H4O 1
HETATM 47 H H3O . GAL A 1 . ? 17.960 28.200 11.760 1.00 0.00 ? 2 GAL ? H3O 1
HETATM 48 H H2O . GAL A 1 . ? 19.120 26.690 14.100 1.00 0.00 ? 2 GAL ? H2O 1
HETATM 49 C C1 . NGA A 1 . ? 17.290 17.310 15.660 1.00 0.00 ? 3 NGA ? C1 1
HETATM 50 C C2 . NGA A 1 . ? 17.720 16.360 14.500 1.00 0.00 ? 3 NGA ? C2 1
HETATM 51 C C3 . NGA A 1 . ? 16.810 15.150 14.520 1.00 0.00 ? 3 NGA ? C3 1
HETATM 52 C C4 . NGA A 1 . ? 16.560 14.500 15.810 1.00 0.00 ? 3 NGA ? C4 1
HETATM 53 C C5 . NGA A 1 . ? 16.320 15.370 17.020 1.00 0.00 ? 3 NGA ? C5 1
HETATM 54 C C6 . NGA A 1 . ? 16.450 14.760 18.370 1.00 0.00 ? 3 NGA ? C6 1
HETATM 55 N N2 . NGA A 1 . ? 17.460 17.070 13.280 1.00 0.00 ? 3 NGA ? N2 1
HETATM 56 O O3 . NGA A 1 . ? 17.130 14.190 13.430 1.00 0.00 ? 3 NGA ? O3 1
HETATM 57 O O4 . NGA A 1 . ? 17.780 13.690 16.130 1.00 0.00 ? 3 NGA ? O4 1
HETATM 58 O O5 . NGA A 1 . ? 17.250 16.550 16.970 1.00 0.00 ? 3 NGA ? O5 1
HETATM 59 O O6 . NGA A 1 . ? 15.990 15.670 19.330 1.00 0.00 ? 3 NGA ? O6 1
HETATM 60 H H1 . NGA A 1 . ? 16.300 17.730 15.510 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H1 1
HETATM 61 H H2 . NGA A 1 . ? 18.730 15.950 14.590 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H2 1
HETATM 62 H H3 . NGA A 1 . ? 15.840 15.530 14.190 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H3 1
HETATM 63 H H4 . NGA A 1 . ? 15.820 13.740 15.580 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H4 1
HETATM 64 H H5 . NGA A 1 . ? 15.270 15.640 17.000 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H5 1
HETATM 65 H H61 . NGA A 1 . ? 15.930 13.810 18.440 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H61 1
HETATM 66 H H62 . NGA A 1 . ? 17.500 14.700 18.630 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H62 1
HETATM 67 H H6O . NGA A 1 . ? 15.360 16.280 18.920 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H6O 1
HETATM 68 H H4O . NGA A 1 . ? 17.510 12.820 15.830 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H4O 1
HETATM 69 H H3O . NGA A 1 . ? 17.090 14.640 12.570 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H3O 1
HETATM 70 H H2N . NGA A 1 . ? 16.540 17.020 12.880 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H2N 1
HETATM 71 C C2N . NGA A 1 . ? 18.380 17.800 12.580 1.00 0.00 ? 3 NGA ? C2N 1
HETATM 72 O O2N . NGA A 1 . ? 19.520 17.830 13.060 1.00 0.00 ? 3 NGA ? O2N 1
HETATM 73 C CME . NGA A 1 . ? 17.960 18.480 11.310 1.00 0.00 ? 3 NGA ? CME 1
HETATM 74 H H3M . NGA A 1 . ? 18.130 19.550 11.330 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H3M 1
HETATM 75 H H2M . NGA A 1 . ? 18.700 17.980 10.680 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H2M 1
HETATM 76 H H1M . NGA A 1 . ? 16.910 18.310 11.030 1.00 0.00 ? 3 NGA ? H1M 1
HETATM 77 H HO1 . ROH B 2 . ? 19.670 21.990 18.980 1.00 0.00 ? 1 ROH ? HO1 1
HETATM 78 O O1 . ROH B 2 . ? 19.730 22.550 18.200 1.00 0.00 ? 1 ROH ? O1 1
#